DnaMan是由美国Lynnon Biosoft公司开发的一款高度集成化的分子生物学综合应用软件。它可用于多序列比对、PCR 引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等,几乎涵盖所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作。DnaMan还可以不同形式来显示序列,包括显示序列和成分、显示待分析序列的反向序列、显示待分析序列的反向互补序列和显示待分析序列的对应RNA序列等。同时它可进行序列同源性分析,包括两序列同源性分析和多序列同源性分析。其速度、多功能性、准确性和高质量的呈现,使该软件成为每个分子生物学家都可以依赖的基本工具之一。当然,小编今天给大家提供的是DnaMan 6中文破解版,修改软件为中文版,给大家更多的使用便利。
不仅如此,DnaMan提供了20个序列通道以将活动序列保留在内存中,简化了多种功能分析,并大大提高了工作效率。除此之外,它内置的图形分析,能够将自己的实验数据发布到软件上,利用自动统计以及图表功能获得详细的数据走势分析,为后期的模拟实验提供重要的参考数据,可以说是一款非常优秀的生物学综合应用软件,对于从事生物研究工作的朋友会有极大帮助,所有生命科学工作者、研究人员需要的一款工具,有需要的朋友可以下载体验哦。
温馨提示:学次元软件站提供DnaMan 6中文破解版,
修改中文版,免费使用所有功能,下面小编也提供了破解和使用教程,有需要的朋友可以看看哦。
dnaman软件功能
①、综合系统
②、Windows,OSX和Linux上的DNAMAN Desktop
③、序列操作
1、序列输入
DNAMAN序列是用关键字格式化的纯文本文件。该程序接受其他常见的序列格式,如GenBank,GCG,CUSTAL,FASTA,PIR和GDE。DNAMAN利用序列通道将活性序列保留在存储器中以进行快速计算。数据库也可用于帮助组织特定研究项目的序列。所有三个序列输入接口都可以在DNAMAN Desktop上访问。
2、序列组成和转换
DNAMAN使用简单的下拉菜单命令报告序列组成和分子量。它可以将序列转换为其反向,互补,反向互补,双链和RNA序列。
4、序列搜索
DNAMAN提供了序列搜索和比较的工具,包括核苷酸或氨基酸序列,共有序列,开放阅读框,重复序列。小干扰RNA(siRNA)选择工具可用于改善siRNA设计的质量。用户可以在DNAMAN程序中对NCBI数据库或其他基于Web的序列服务器执行BLAST搜索。
5、限制分析
DNAMAN为DNA序列的限制性分析提供直观的界面。结果可以显示为文本,限制图和限制图(琼脂糖凝胶)。其他工具包括电子克隆,从片段重建限制图,无声突变和定向不匹配。
6、顺序组装
DNAMAN使用快速准确的比对算法来组装大量序列。跟踪文件可以直接用于汇编。可以通过组装的序列集验证SNP。
【同源性比较】
(1)、点阵图
可以使用dotplot在DNAMAN中分析大序列的同源区域。感兴趣的序列区域可以放大并直接对齐。
(2)、两个序列比对
DNAMAN提供许多快速或最佳算法来比对两个DNA或蛋白质序列。
7、多序列比对
DNAMAN使用ClustalW算法(Feng-Doolittle和Thompson)进行最佳对齐,使用全局对齐算法(Wilbur和Lipman)进行快速对齐。DNAMAN中的三种最佳比对提供了高质量的比对结果。使用快速比对方法,您可以快速比对大量的DNA或蛋白质序列。可以在多对齐序列编辑器中进一步修改或调整对齐。
8、系统发育分析
DNAMAN使用常用算法计算同源矩阵并建立所有序列对之间的相关距离。它可以产生距离矩阵,并从多个比对中绘制系统发育树或同源树。引导分析可用于系统发生树的置信度值。
9、引物/寡核苷酸分析
PCR Primer Design
DNAMAN为PCR引物选择提供了许多控制标准。您可以通过设置目标DNA的区域,PCR产物的大小,引物特征,反应条件和引物配置来优化引物过滤。
其他功能:可以分析寡聚引物的解链温度,互补性,引导错误,沉默突变和定向错配。
10、蛋白质分析
DNAMAN提供了许多蛋白质序列分析工具,包括DNA DNA中所有六个阅读框架的翻译,遗传密码表的变异,阅读框架概述,密码子使用分析,氨基酸组成,Hydrophathy分析,Charge和pI分析,二级结构预测和反向翻译。
11、数据库管理
DNAMAN使用标准关系数据库引擎Sqlite3来管理DNA /蛋白质序列和寡核苷酸序列。
12、LBDraw(仅限Windows)
13、在Internet上(仅限Windows)
适用于Windows的内置DNAMAN Internet / Intranet浏览器
DNAMAN提供了一个集成的Web浏览器来访问Internet或您的Intranet。您可以从brwoser加载序列以进行直接分析,您也可以使用Internet上的服务器。
软件特色
1、DNA和蛋白质序列编辑
2、DNA序列转化
3、多序列比对,对齐编辑和分析
4、系统树分析
5、DNA或蛋白质序列的点阵比较
6、DNA序列组装和编辑
7、BLAST通过网络界面在Intranet / Internet Server上进行搜索
8、序列和数据库中的增强型图案搜索
9、SiRNA选择器
10、限制分析
11、绘制序列图与出版品质
12、限制模式预测
13、电子克隆
14、从限制片段重建限制图
15、静音突变分析创建/破坏限制性位点
16、导向不匹配以创建/破坏限制站点
17、翻译和密码子使用分析
18、蛋白质疏水性/亲水性分析
19、蛋白质表征:等电点的序列组成和预测
20、蛋白质二级结构预测
21、反向翻译
22、PCR和测序引物的设计
23、表征DNA或引物序列的热力学性质
24、分歧分析
25、管理寡核苷酸,DNA和蛋白质数据库
26、生成随机序列
DnaMan安装破解教程
1、下载本提供的DnaMan压缩包,解压打开
2、选择DNAMAN_setup.exe,运行安装
3、直接点击next
4、勾选“我接受同意”,点击next
5、选择安装路径,小编这里默认路径安装,点击next
6、点击install(安装)
7、等待安装完成,点击finish
8、弹出注册表,点击右上角关闭
9、找到解压文件,运行DNAMAN_patch.exe程序(汉化补丁)
10、点击下一步
11、显示danman安装完毕,点击完成
12、在弹出的界面中选择“DNAMAN.exe”目标文件,并点击开始
13、提示成功补丁,即完成破解
14、找到桌面程序的快捷方式,运行它,若弹出注册表,直接随意输入即可,点击确定
15、安装破解教程就完成了,可以使用了
注:为避免升级后程序界面变回英文,已禁用程序升级功能;如果您要升级程序,只需将目录下的LBUpdate.dll重命名为LBUpdate.exe 后运行即可汉化亮点
1、完美汉化
包括标准资源及非标汉化,并对界面作了调整美化
2、完全汉化
汉化程度达到98%以上(个别专业术语保留不译)
3、完整功能
全功能版,免序列号,无任何功能和时间的限制
DnaMan使用教程
一、将待分析序列装入Channel
1、通过File|Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。(初始为 channel1)可以通过激活不同的channel(例如:channel5)来改变序列装入的Channel
2、通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数
二、以不同形式显示序列
1、通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框
2、根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式,可选择:
1)显示序列和成分
2)显示待分析序列的反向序列
3)显示待分析序列的反向互补序列
4)显示待分析序列的互补序列
5)显示待分析序列的双链序列
6)显示待分析序列的对应RNA序列
3、参数说明如下
Results 分析结果显示
其中包括:
Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点)
Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图)
Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点)
Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点)
Target DNA (目标DNA 特性)
circular(环型DNA),dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化)all DNA in Sequence Channel(选择此项,在Sequence Channel 中的所有序列将被分析, 如果选择了Draw restriction pattern,那么当所有的channel 中共有两条DNA 时,则只能选择两个酶分析,如果共有三个以上DNA 时,则只能用一个酶分析。
三、序列同源性分析
1)两序列同源性分析
1、通过Sequence|Two Sequence Alignment 命令打开对话框
2、参数说明如下
Alignment method 比对方法,通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对),当选择快速比对时,设置较小的k-tuple 值,可以提高精确度,当序列较长时,一般要设置较大的k-tuple 值。(dna 序列:k-tuple 值可选范围2—6;蛋白质序列:k-tuple 值可选范围1—3
2)多序列同源性分析
1、通过打开Sequence|Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框
2、参数说明如下
a、从文件中选择参加比对的序列
b、从文件夹中选择参加比对的序列
c、从channel 中选择参加比对的序列
d、从数据库中选择参加比对的序列
e、清除选择的序列(鼠标点击左边显示框中的序列名选择)
f、清除全部序列
序列比对
可以看软件中help。简单说,将测序的序列打开,找到你翻译的atg起始,到比对,就是将要比的序列分别load到每个channel,点击sequence-allignment即可进行序列比对